mdh.sePublications
Change search
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Optimering av FISH- teknik för detektion av Laktobaciller
Mälardalen University, School of Sustainable Development of Society and Technology.
2008 (Swedish)Independent thesis Advanced level (degree of Magister), 10 points / 15 hpStudent thesis
Abstract [sv]

Sammanfattning

Syftet med den här studien var att utveckla och optimera FISH (Fluorescense In Situ Hybridisation) tekniken som en snabb och ganska billig metod för detektion av laktobaciller. Det vill säga att kunna på objektsglas använda FISH tekniken för att identifiera laktobaciller på artnivå med fluorescensmärkta prober mot 16S och 23S RNA. FISH är en allmän och användbar metod för att detektera och lokalisera mikroorganismer eller en specifik grupp av mikroorganismer i provet (1). Metoden detekterar DNA- eller RNA- sekvenser med hjälp av fluorescensmärkta prober som hybridiseras specifikt med komplementära målsekvenser i intakta celler (2). Detta innebär att man behåller cellmorfologin och tillför en lättdetekterad fluorescerande färg. I början av studien utvaldes två grupper av bakterier, gramnegativa bakterier som har tunnare cellvägg, vilket underlättar hybridiseringen och grampositiva laktobacillus med en tjockare cellvägg. Enligt tidigare undersökningar gav FISH tekniken bra resultat om rätt probe användes för rätt organism. Som anvisning till den här studien användes en tidigare studie på E.coli K12.(6). I början av den här studien användes samma prober som i studien med E.coli K12. Bakterierna i grupp 1 valdes utifrån homologi mellan probernas sekvens och målsekvensen hos bakterierna. De hade 100 % homologi med probe 1 och hög homologi, 83-100 %, med probe 2 ,vilket väl överensstämmer med resultatet för E. coli. Bakterierna odlades i lämpliga medier och prov togs från log-fas. Bakterierna behandlades med hybridiseringsbuffert och studerades under fluorescensmikroskop. Stark fluorescens iakttogs i flertalet av bakterierna i de fall som homologi mellan probe och målsekvens var hög. Effekten av tiden för förvaring i kyl efter skörd på fluorescensförmågan studerades också. Fluorescensen efter en dag jämfördes med fluorescensen efter 15 dagar och 30 dagar hos samma bakterie. Bakterierna fotograferades i fluorescensmikroskop samt ljusmikroskop och resultaten presenteras i respektive tabeller och/eller bilder. Resultaten visade en sänkning i fluorescensstyrka och i antal bakterier som lyste redan efter 15 dagar. Efter 30 dagar hade nästan alla bakterier upphört att reagera med proben, oavsett vilken art som studerades. Slutligen studerades kvaliteten på tvättningar. Fluorescensbilder togs av bakterierna efter en tvätt och jämfördes med bilder efter 2 och tre tvättar. Ingen stor skillnad observerades efter flera tvättningar jämförd med en tvätt. Studien visade att den teknik som utvecklades är användbar för att detektera specifika sekvenser både i grampositiva och gramnegativa bakterier.

Place, publisher, year, edition, pages
2008. , 18 p.
Keyword
FISH
National Category
Chemical Engineering
Identifiers
URN: urn:nbn:se:mdh:diva-4448OAI: oai:DiVA.org:mdh-4448DiVA: diva2:127371
Presentation
Mälardalens högskola, Eskilstuna (Swedish)
Uppsok
teknik
Supervisors
Examiners
Available from: 2008-12-05 Created: 2008-12-04 Last updated: 2008-12-05Bibliographically approved

Open Access in DiVA

fulltext(2586 kB)814 downloads
File information
File name FULLTEXT01.pdfFile size 2586 kBChecksum SHA-512
a565ef9015672e8e6f56ef6eef059f27f52d06e3797c03b8ea65d0bf2bf8f81e5c83eb3502bf48170106f668889b96fa10002bcd6bd3e645674b6b14a5f98d9a
Type fulltextMimetype application/pdf

By organisation
School of Sustainable Development of Society and Technology
Chemical Engineering

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar
Total: 814 downloads
The number of downloads is the sum of all downloads of full texts. It may include eg previous versions that are now no longer available

Total: 207 hits
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf